A administração do Ideba se dá de forma colegiada. O estatuto define que o poder máximo dentro da instituição é a Assembleia Geral dos associados, que é assessorada por um Conselho Fiscal e pelo Corpo Diretivo, executor das determinações da Assembleia, e formado por três coordenações:

1. Coordenação administrativo-financeira
2. Coordenação de estudos e pesquisas
3. Coordenação de divulgação

Assembleia Geral

A Assembleia Geral Ordinária reúne-se anualmente para conhecimento e consequente aprovação ou rejeição do relatório do Corpo Diretivo e apresentação de projetos para o exercício do ano que se inicia, decidindo os rumos que a instituição deverá seguir.

Conselho Fiscal

Órgão que tem a competência de fiscalizar a parte econômico-financeira da Instituição e seu movimento contábil e patrimonial, bem como dar o parecer sobre as contas do exercício social anterior que serão submetidas à aprovação da Assembleia Geral, podendo utilizar-se inclusive de auditoria externa para melhor avaliar os relatórios financeiro e contábil do Instituto.

Coordenação Administrativo-financeira

Compete a esta coordenação dar suporte a todas as demais coordenações, possibilitando que realizem as suas atividades, criando e gerindo ações que permitam a captação de recursos financeiros para o Ideba.

Coordenação de Estudos e Pesquisas

Esta coordenação tem a competência de promover toda a área de estudos e pesquisas, doutrinários e não doutrinários, desenvolvidos pelo instituto, seja no campo teórico ou prático, criando e mantendo atividades vinculadas à mediunidade.

Coordenação de Divulgação

Planeja, executa e avalia planos e ações voltadas à divulgação da doutrina espírita.